Theo TS. Phan Minh Ngọc, trong dự thảo này, có một số bất cập chính mà NHNN cần xem xét thấu đáo hơn.
Thứ nhất, dự thảo quy định doanh nghiệp phát hành trái phiếu là công ty cổ phần, công ty trách nhiệm hữu hạn. Vì trên thực tế còn có nhiều loại hình doanh nghiệp khác, trong đó có doanh nghiệp nhà nước (DNNN) là loại hình doanh nghiệp được phép phát hành TPDN theo các Nghị định 120/1994/NĐ-CP và các nghị định sửa đổi, thay thế sau này như Nghị định 52/2006/NĐ-CP và Nghị định 90/2011/NĐ-CP... nên NHNN cần giải thích tại sao lại giới hạn phạm vi điều chỉnh của dự thảo nghị định với công ty trách nhiệm hữu hạn và công ty cổ phần mà không gồm các loại hình công ty khác.
Thứ hai, dự thảo quy định TCTD không được vay vốn của TCTD khác để mua TPDN. Trên nguyên tắc, quy định này là hợp lý. Nhưng thực tế, do không thể "đánh dấu" đồng tiền huy động nào của TCTD là tiền vay của TCTD khác theo kiểu "đồng này mua mắm, đồng này mua muối" nên khó có thể biết tiền vay của TCTD khác liệu có được dùng vào mua TPDN hay không.
Kể cả bằng cách nào đó có thể "đánh dấu" được tiền vay từ TCTD khác thì TCTD vẫn "lách" bằng cách dùng tiền vay từ TCTD khác để thực hiện nghĩa vụ thanh toán/đầu tư khác của mình, và dùng nguồn vốn lẽ ra dùng để thanh toán các nghĩa vụ khác này để mua TPDN. Do vậy, NHNN cần quy định chi tiết hơn về việc TCTD không được vay vốn của TCTD khác để mua TPDN nhằm tránh tình trạng quy định chỉ để cho có mà khó hoặc không thể có cách nào thanh tra và phát hiện vi phạm sau khi TCTD đã mua TPDN.
Thứ ba, dự thảo quy định TCTD chỉ được mua TPDN khi có tỷ lệ nợ xấu dưới 3% theo báo cáo tài chính đã được kiểm toán tại năm liền kề trước năm mua TPDN. Căn cứ của quy định này có thể là việc NHNN cho rằng TCTD càng mua nhiều TPDN thì càng chịu thêm nhiều rủi ro tín dụng. Nên nếu TCTD đã, đang có sức khỏe yếu, phải đối mặt với rủi ro cao, như được thể hiện ở tỷ lệ nợ xấu trên 3%, thì việc mua TPDN chỉ làm suy yếu thêm TCTD (tăng thêm nợ xấu). Do đó, cần thiết phải khống chế TCTD chỉ được mua TPDN khi tỷ lệ nợ xấu của nó thấp.
Tuy nhiên, nếu quả là NHNN có quan điểm như vậy thì quan điểm này chỉ đúng khi mọi TPDN mà TCD sắp mua vào đều là loại TPDN có rủi ro cao, doanh nghiệp phát hành dễ mất khả năng thanh toán nợ gốc và lãi đúng hạn – là điều không luôn đúng trên thực tế. Do đó, có lẽ NHNN cần quy định thêm rằng với TCTD có tỷ lệ nợ xấu từ 3% trở lên thì chỉ được mua TPDN có mức xếp hạng tín nhiệm tối thiểu là an toàn cho đầu tư bởi cơ quan xếp hạng tín nhiệm độc lập được công nhận (ví dụ như mức BBB của Fitch), hoặc bởi hệ thống xếp hạng tín nhiệm nội bộ của TCTD đối với doanh nghiệp phát hành TPDN hoặc đối với bản thân TPDN đó.
Cùng một logic như vậy, nếu NHNN cấm TCTD có tỷ lệ nợ xấu từ 3% trở lên được mua TPDN thì NHNN cũng cần phải cấm TCTD cho vay khách hàng là doanh nghiệp và cá nhân bởi càng cho vay thì càng chịu thêm rủi ro. Nhưng đương nhiên không phải khách hàng vay vốn nào cũng sẽ là khách hàng phát sinh nợ xấu nên TCTD vẫn cần được tiếp tục cho vay khách hàng một cách có chọn lọc, dựa theo xếp hạng tín nhiệm của họ, cũng tương tự như việc TCTD cần được tiếp tục mua TPDN một cách có chọn lọc.
Thứ tư, một trong số những điều kiện mà dự thảo quy định cho TCTD khi mua trái phiếu doanh nghiệp là doanh nghiệp phát hành trái phiếu có khả năng tài chính để đảm bảo thanh toán đủ gốc và lãi trái phiếu đúng hạn. Điều này tưởng cũng là hợp lý bởi TCTD phải thấy được khả năng trả nợ gốc và lãi thì mới nên/được mua trái phiếu. Nhưng thế nào là "có khả năng tài chính" là một khái niệm mang tính chủ quan. Tại thời điểm xem xét mua TPDN, doanh nghiệp phát hành có phương án tài chính hợp lý, chẳng hạn như phát hành mới TPDN để trả một phần gốc và lãi của đợt huy động trước (một hành động rất bình thường trong giới doanh nghiệp, cũng tương tự như một quốc gia phải đi vay/phát hành trái phiếu mới để trả nợ cũ như trường hợp của Việt Nam). Nhưng vì một lý do (bất khả kháng) nào đó mà không một ai, từ TCTD và ngay cả doanh nghiệp phát hành có thể lường trước được, phương án tài chính này đổ bể, ảnh hưởng đến việc trả gốc và lãi của TPDN. Lúc đó, người có trách nhiệm của TCTD mua TPDN có vấn đề này có khả năng phải đối mặt với cáo buộc "cố ý làm trái", đại loại như mặc dù biết rằng phương án tài chính dựa vào đi vay để trả nợ của doanh nghiệp phát hành là rất rủi ro (mà thực tế đã xảy ra đúng như vậy) nhưng vẫn cố ý mua trái phiếu của doanh nghiệp đó.
Do vậy, NHNN cần xem xét, sửa đổi hoặc bỏ quy định này, tạo điều kiện cho TCTD quyết định mua trái phiếu hay không chỉ cần dựa vào những quy định liên quan còn lại trong dự thảo, nhất là quy định về công bố thông tin của doanh nghiệp phát hành, bao gồm báo cáo tài chính có kiểm toán v.v... để biết được tình trạng sức khỏe của nó thời hiện tại (thể hiện ở mức tín nhiệm) là đủ. Còn nếu cứ yêu cầu TCTD phải đảm bảo được rằng doanh nghiệp phát hành sẽ trả được nợ gốc và lãi trong tương lai thì mới được mua trái phiếu của doanh nghiệp đó thì yêu cầu này cũng chỉ là để cho có, chỉ có thể đáp ứng được trong thế giới không tưởng, đơn giản bởi chẳng có ai có thể làm được như vậy.